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Le bon roi Henri
A la fin de la guerre de Cent Ans l'armée de Dunois et de Gaston, comte de Foix, s'empare successivement
des châteaux de Mauléon (1449), Saint-Pée, et Bayonne qui tombât à son tour en 1451. La même année par
traité signé à Macaye, les Labourdins sont soumis à l'obéissance du roi de France, mais ils conservent les
mêmes droits, que ceux accordés par les Anglais.
L'actuelle Basse Navarre reste propriété intégrante du royaume de Navarre. Bien que Louis XI de France et
Henri IV de Castille en envisage le partage (entrevue en 1463). Gaston, comte de Foix, épouse Eléonore de
Navarre. En 1483 la famille du Béarn, en la personne Catherine de Foix, hérite de la Navarre. Le dernier
couronnement en Navarre sera celui de Jean d'Albret et de Catherine de Navarre en 1494, à Pampelune. Les
Armées espagnoles de Ferdinand d'Aragon et de son épouse Isabelle de Castille s'emparent de Pampelune
puis de Saint Jean Pied de Port, ils occupent toute la Navarre. Les Navarrais, une fois de plus excommuniés
par Rome, se rendent en juillet 1522 à Maya en Amaiur. Les basques de toutes les provinces qui s'étaient unis
à cette ultime résitance sont décîmés.
A cette époque, les baleines pêchées depuis le 7 ème siècle se font plus rares, n'entrant pratiquement plus
dans le golfe de Biscaye. Ceci représentait une part importante des ressources de la région. C'est également
en 1522 que le Maïs est introduit pour la première fois en Europe, ramené par les marins basques, il est mis
en culture dans la vallée de la Nive vers Ustaritz.
Suite à leur defaite au Sud, face à Charles Quint, roi de Castille, les souverains de Navarre se réfugièrent du
coté Nord de la chaîne des Pyrénées où le nouveau royaume de Navarre fut érigé, le centre administratif étant
Saint Palais.Le roi d'espagne Philippe II, obtient en 1565 le détachement de la Navarre et du Guipuskoa du
diocése de Bayonne; la séparation Nord/Sud (hégo/iparalde) est faite.
Henri III, roi de Navarre devint roi de France et de Navarre en 1589 sous le nom d'Henri IV. C'est dans cette
période 1609 qu'éclate le procès des "sorcières du Labourd ", instruit par un des conseillers de Bordeaux :
Pierre de Lancre qui commet de nombreux excès (700 basques sont brulés sur les bûchers). Il faudra le retour
des marins des bancs de Terre Neuve et, après l'exécution de prêtres sur le bûcher, les appels de l'évêque de
Bayonne au roi Henri IV pour que le conseiller soit rappelé. La guerre de trente ans entre la France et
l'Espagne ravage jusqu'en 1636 le Labourd. Louis XIII proclame en 1620 le rattachement de la Navarre (basse
Navarre et Navarre) à la France par l'Edit de l'Union, acte non reconnu par le parlement de Navarre qui siége
à Pau. En 1659, Louis XIV, roi de France renonce à ses droits sur la Navarre (celle du Sud : qui en fait à
toujours été occupée par les Espagnols) avec le traité des Pyrénées et son mariage avec Blanche de Castille à
Saint Jean de Luz.
Malgré des révoltes (1661 exécution de Matalaz, chef de la révolte des souletins), une paix relative revient
jusqu'à la révolution de 1789. Espagne et France fixent à nouveau leurs frontières en territoires Navarrais par
le traité d'Elizondo, la Navarre Nord et Sud refuse l'application de ce traité